在国家“海洋强国战略”的大背景下，北京大学于2013年12月建立北京大学海洋研究院。海洋研究院采用新体制、新机制，是北京大学在海洋领域唯一的、独立的校级实体科研机构，统一负责全校海洋学科的规划协调和海洋产业及相关领域的对外合作工作。研究院将致力于大学改革和科技体制创新工作，先行先试，积极探索，争取为北京大学乃至全国高校改革，为大学科研乃至全国科研工作改革摸索道路，积累经验。

研究院定位为立足深海大洋事业和现代海洋科技，以海洋战略、海洋人文社科、海洋科学和海洋工程为重点研究领域，致力于建设成为国内顶尖、国际一流，具有全球影响力的综合性海洋研究机构。

研究院使命是成为国家实现海洋强国战略的重要智库；成为深海远海科学、工程与技术的发源地和核心研究机构；成为北京大学扎根中国蓝色国土，建设世界一流大学、服务国家战略与社会发展的重要平台。